Spravuje archeologické sbírky muzea a spolupracuje s orgány státní správy v oblasti archeologické památkové péče. Podílí se na plnění vědecko-výzkumných úkolů v oborech svého působení. Poskytuje metodickou odbornou pomoc muzeím v regionální působnosti VČM podle zákona č. 122/2000 Sb. a vyhlášky č. 275/2000 Sb.
Oprávněná organizace je oprávněna provádět záchranné archeologické výzkumy (dále ZAV) na základě povolení Ministerstva kultury ČR zn. 9650/2002-OPP/P ze dne 1. 10. 2002 a smlouvy mezi Akademii věd ČR a muzeem ze dne 12. 11. 2002 vydaného podle ustanovení § 21 odst. 2 zákona č. 20/1987 Sb. o státní památkové péči.
Úřední hodiny archeologického oddělení: úterý a čtvrtek 8–11 h a 13–15 h.
Případně dle individuální telefonické/emailové domluvy