Zoologické sbírky patří mezi vůbec nejstarší fondy Východočeského muzea. Hned po vzniku muzea byla 30. června 1881 za 3000 zlatých zakoupena kolekce vycpanin ptáků od významného preparátora a znalce přírody Pardubicka prof. MUDr. Hromádky. Tato kolekce čítající 1 400 kusů tvoří základ sbírky obratlovců a od 20. let 20. století je průběžně doplňována. K významnějšímu rozšiřování této sbírky dochází v 40. až 60. letech 20. století zejména díky pardubickému preparátoru Františku Kotkovi. Významný nárůst počtu obratlovců však představoval také nákup sbírky preparátorů Ptáčka z Litomyšle a Steigerwalda z Chotěboře, sbírky ptačích vajec Františka Obhlídala a formalínových válců ryb Jiřího Kuřátka na konci 20. století. K nejcennějším bezesporu patří dvojice vyhynulých holubů stěhovavých z poloviny 19. století a také třetí nejpočetnější kolekce dravců v rámci ČR. Sbírka je uložena v depozitáři ve věži Zámku. Není sice pro veřejnost zpřístupněna, ovšem badatelům z řad laické i odborné veřejnosti je depozitář po předchozí domluvě přístupný.
Sbírku spravuje Mgr. Libor Praus, Ph.D.