Sbírka rukopisů náleží k nejstarším sbírkám muzea. Její počátek spadá do 80. let 19. století, do doby vzniku Musejního spolku. Její součástí jsou staré rukopisy z období 16. - 18. století, ale i rukopisy mladšího charakteru. Podstatnou část tvoří rovněž rukopisné písemné pozůstalosti některých významných pardubických osobností. K nejzajímavějším předmětům patří iluminované notované rorátníky z 16. a 17. století vzniklé z činnosti dašického a sezemického literátského bratrstva, Devotyho opis Loutny české z 2. poloviny 17. století, nebo Lékařský rukopis z první třetiny 17. století obsahující mj. překlad raného lékařství Sallicettova.
Sbírku spravuje Mgr. Petra Městecká
